Председатель МСЖД – выборная должность. Срок полномочий председателя – 2 года и он может быть продлен еще на 2 года. Согласно уставу МСЖД на пост председателя организации может претендовать только действующий руководитель компании-участницы Союза. В. Якунин сменил на посту председателя МСЖД Сатоши Сейно, президента East-Japan Railways.
На пресс-конференции, посвященной назначению, глава РЖД сказал, что основными задачами он видит активизацию работы по формированию стандартов работы железнодорожных компаний, взаимодействие с международными организациями, занимающимися вопросами качества и технологической безопасности, а также формирование единых подходов к развитию транспортных коридоров.