Государство устанавливает тарифы для ФПК на перевозку пассажиров в плацкарте и общих вагонах. Тарифы, как правило, индексируются ниже экономически обоснованного уровня, а недостающую часть компенсирует государство. Тарифы на СВ, купе и "люкс" ФПК устанавливает сама по согласованию с ФАС.
Динамическое ценообразование применяется в дерегулированном сегменте перевозок пассажиров в поездах дальнего следования (вагоны купе, СВ и "люкс", вагоны с местами для сидения скоростных поездов). Согласно этой системе, цена билета изменяется в зависимости от сезона, дней недели, спроса и количества проданных мест.
Перевозки пассажиров в плацкартных и общих вагонах с 1 января 2016 года были проиндексированы на 4%. Стоимость проезда в купейных вагонах, вагонах СВ и класса "люкс" поездов формирования ФПК, курсирующих во внутригосударственном сообщении, с 1 января 2016 года были проиндексированы на 5% к уровню 2015 года.