В республике также действует программа субсидирования внутриулусных (внутрирайонных) авиаперевозок, которые осуществляются по 157 маршрутам. Из бюджета Якутии финансируется в среднем 70% стоимости экономического тарифа. В 2023 году по этой программе выполнено 827 рейса, перевезено 20,3 тыс. пассажиров, размер субсидии составил 365,8 млн руб. Из них более 70% выполнено в арктической зоне республики.
В министерстве предлагают при очередной корректировке регионального госбюджета увеличить расходы на субсидирование межулусных авиаперевозок в размере 757,7 млн руб. и внутриулусных перевозок для труднодоступных населенных пунктов в размере 47,7 млн руб.