Значительным фактором, отрицательно влияющим на конкурентоспособность железнодорожного транспорта, является перекрестное субсидирование между различными категориями грузов. За счет завышенных тарифов на нефтяные товары субсидируются перевозки угля. Таким образом, тарифы на перевозку нефти и нефтепродуктов искусственно утяжеляются по сравнению с другими видами транспорта, которые укрепляют свои конкурентные позиции.
При этом развитие железных дорог не синхронизировано с модернизацией нефтепереработки. В результате можно ожидать дальнейшего снижения перевозки нефтепродуктов железнодорожным транспортом. В частности, это относится к мазуту, производство которого будет замещаться светлыми нефтепродуктами, в частности, дизельным топливом. Перевозка дополнительных объемов дизельного топлива будет осуществляться, в основном, трубопроводным транспортом вместо железных дорог, по которым перевозится мазут.