Согласно условиям его применения, в случае выявления налоговыми органами ошибок в учете налогоплательщика ему отправляется мотивированное мнение об исправлении ошибок учета. Мотивированное мнение составляется исключительно сотрудниками налоговых органов, при его составлении не могут быть привлечены сторонние эксперты, оно не может быть обжаловано в вышестоящей инспекции или суде. В случае же отказа от исполнения мотивированного мнения ФНС вправе инициировать выездную налоговую проверку налогоплательщика, от которой налогоплательщик и пытался освободиться, переходя на налоговый мониторинг.
При этом назначение налоговой проверки как санкции за неисполнение мотивированного мнения, в отличие от выездной налоговой проверки, проводимой в общем порядке, намного более рискованно, так как у ФНС уже есть полная информация о всей деятельности налогоплательщика, которая была предоставлена в рамках налогового мониторинга. Кроме того, налогоплательщик освобождается от ответственности за налоговое правонарушение, совершенное вследствие исполнения предписаний, отраженных в мотивированном мнении, однако, несмотря на это, для освобождения налогоплательщику необходимо доказать факт того, что налоговое правонарушение совершенно именно ввиду исполнения мнения ФНС, а не по инициативе налогоплательщика. При применении налогового мониторинга не стоит забывать, что ФНС – это государственная структура, нацеленная на сбор максимального количества денежных средств законными способами через налоговые отчисления, поэтому при выборе встать на сторону налогоплательщика или пополнить бюджет налоговый инспектор, скорее всего, пойдет по второму пути.