Согласно Уставу, Президиум формируется из представителей компаний-членов Партнерства, а также независимых членов. Избрание членов Президиума Партнерства осуществляется на Общем собрании членов СОЖТ путем голосования представителей компаний – членов СРО НП «Совет операторов железнодорожного транспорта» по двум спискам, один из которых является списком независимых кандидатов в члены Президиума Партнерства, другой – списком кандидатов от компаний-участников СОЖТ. Президиум Партнерства избирается сроком на три года в количестве не более 16 человек. Председатель Президиума избирается Общим собранием из числа вновь избранных членов Президиума СОЖТ.
От компаний-участников в Президиум Партнерства избраны:
· Генеральный директор ПАО «ТрансКонтейнер», Президент АО «ОТЛК» Петр Баскаков
· Генеральный директор АО «Первая Грузовая Компания» Олег Букин
· Член Правления ООО «Трубная транспортная компания» Сергей Гущин
· Генеральный директор АО «Федеральная грузовая компания» Виталий Евдокименко
· Член Совета директоров ЗАО «Русагротранс» Константин Засов
· Советник генерального директора АО «НефтеТрансСервис Алексей Лихтенфельд
· Советник генерального директора ОАО «Новая перевозочная компания» Сергей Мальцев
· Генеральный директор ЗАО «Евросиб СПб-транспортные системы» Дмитрий Никитин
· Президент ООО «Трансойл» Игорь Ромашов
· Заместитель генерального директора по техническому развитию ЗАО «РТХ-Логистик» Ирина Чиганашкина
В качестве независимых членов в состав Президиума Партнерства вошли:
· Статс-секретарь – заместитель Министра транспорта РФ Сергей Аристов
· Вице-президент по коммерческой деятельности ОАО «РЖД» Салман Бабаев
· Заместитель генерального директора по связям с государственными органами ООО «Компания «Базовый элемент» Вадим Гераскин
· Первый заместитель Генерального директора ООО «Проектный офис ОТЛК» Алексей Гром
· Заместитель Генерального директора – Директор по логистике Денис Илатовский
· Директор Департамента государственного регулирования тарифов, инфраструктурных реформ и энергоэффективности Министерства экономического развития РФ Ярослав Мандрон.
Председателем Президиума Партнерства избран член Совета директоров ЗАО «Русагротранс» Константин Засов, занимавший этот пост с октября 2014 года после досрочного сложения полномочий Сергея Мальцева, который принял решение сконцентрироваться на работе в качестве Председателя Совета потребителей по вопросам деятельности ОАО «РЖД».